Lennard-Jones势能曲线是用于描述两个原子或分子间非键相互作用势能如何随它们距离变化的数学模型。这种势能曲线特别表示了在较短距离时相互作用力是排斥的（由于电子云的排斥作用），在较长距离时力变为吸引（由于范德瓦耳斯力）
分类： 分子模拟
分子轨道计算基组
利用GTOs(Gaussian Type Orbitals)来模拟STOs(SlaterType Orbitals)，根据使用GTOs的数量不同，产生了STO-3G，STO-6G。 Minimal Basis Sets A basis set that describes only the most basic aspects of the orbitalsExtended Basis SetsA basis set that describes the orbitals in great detail CGTF 基组 by Dunnings Dunning and co-workers ha……Read More
Introduction to Lattice Boltzmann Method
The Lattice Boltzmann Method (LBM) is a computational fluid dynamics (CFD) technique used to simulate fluid flow at a mesoscopic level. It is based on the kinetic theory of gases and solves the Boltzmann equation, which describes the behavior of particles in a fluid. In LBM, the fluid domain is divi……Read More
水模型—分子动力学
分别在 lj/cut/coul/cut 10.0 与 lj/cut/coul/long 条件下，对SPC/E水分子盒子在npt条件下进行模拟：
渲染效果展示
1.分子位置的导入
2.渲染效果图示
VMD重绘Nature图像
文章题目：Biophysics. The little big bang. DOI：10.1038/371740a0 原图 重绘后图片 参考文献： VMD 1.9.3 用户手册.pp：22
lammps中的atom_style（原子类型）的选择
atom_style定义了模拟过程中应选择什么系列的原子。 原子类型 考虑的效应 简述 angle bonds and angles bead-spring polymers with stiffness atomic only the default values 粗颗粒液体，固体，金属 body mass, inertia moments, quaternion, angular momentum arbitrary bodies bond bonds bead-spring polymers charge charge atomic system with charges dielect……Read More